除了遵循原著设定的经典组合外，确实存在着一些在剧情逻辑或搭配思路上显得颇为独特甚至出人意料的奥义组合。这些组合并非随意拼凑，而是游戏设计者在深入理解角色关系与背景故事的基础上，进行的创造性延伸或趣味性联动，它们为熟悉原作的玩家带来了超出预期的战斗演出与策略深度。这些组合的奇怪之处，往往在于其打破了时间线、常规队伍编制，或将看似关联不深的角色通过某种主题联结在一起，构成了游戏中一道独特的风景线。
一类常见的特殊组合源自对原作中非核心搭档或潜在关系的挖掘。基于同僚、师徒或特殊对手关系开发的组合，这些角色在动漫中或许交集有限，但游戏通过组合奥义赋予了他们协同作战的瞬间，满足了玩家的想象。另一种情况则是完全基于游戏机制或主题的原创搭配，例如将同样以体术见长的忍者组合，或是将拥有类似属性忍术的角色配对，从而激发出纯粹的、视觉冲击力极强的联合技能效果。这些组合的触发，通常需要玩家在队伍配置时选择特定的忍者阵容，并在战斗中满足例如风暴量表等条件后，通过特定的按键指令发动，其演出动画往往独立于普通奥义，更加华丽。
更为有趣的是一些跨越了时间与生死界限的组合。将处于不同人生阶段或不同形态的同一角色进行搭配，如不同时期的卡卡西与带土组合，或者将秽土转生状态的忍者与生前密切相关的角色进行配对。这类组合在剧情上可能无法同时成立，但在游戏里却能够实现，其奥义演出常常蕴含深刻的情怀或强烈的戏剧反差，让了解背景故事的玩家感慨万千。这类设计展现了游戏作为互动媒介的独特优势，它能够构建那些在正篇故事中未曾发生的如果场景。
游戏中还存在一些三人或多人发动的特殊合体奥义，这通常需要非常固定的队伍构成。这些组合的奇怪点可能在于成员之间并非传统的固定小队，而是基于更宏大的主题，如历代火影或晓组织的部分成员集结。发动这类联手奥义时，往往伴更长、更具史诗感的专属动画，其对战局的影响也更显著，可能具备更高的伤害、更广的范围或强力的控制效果，但相应地，其发动条件也更为严苛，需要玩家在资源管理和时机把握上做出更多考量。
掌握这些非常规的奥义组合需要玩家付出额外的学习成本。玩家不仅要熟悉每个忍者的独立技能，还需深入了解其能与哪些特定角色产生化学反应。在决斗场等竞技环境中，巧妙地利用这些组合奥义，有时能起到出其不意的效果，打破常规的战斗节奏。过分追求发动组合奥义也可能带来风险，例如因凑阵容而牺牲了队伍的整体平衡性，或在准备阶段被对手洞察意图并反制。如何将这些独特的组合有机地融入自己的战术体系，而非生硬套用，是衡量玩家游戏理解深度的一个重要方面。
