法师阵容虽然爆发伤害可观，但其最显著的弱点之一在于极其惧怕拥有高机动性的切入型阵容，尤其是刺客。法师的核心输出单位通常需要站在后排进行安全的技能蓄力与释放，一旦被刺客英雄如潜行者或高爆发单位快速切入后排，生存将受到极大威胁。这些刺客能迅速绕过你的前排防线，直接集火击杀你的关键法师，导致整个阵容的输出核心在战斗初期便宣告瓦解，后续伤害无以为继。即便你将后排法师缩角保护，面对大成刺客的爆发，脆弱的法师身板依然难以招架。
阵容结构上的天生缺陷是法师体系的另一个软肋。为了追求极致的法术伤害，法师阵容往往需要凑齐高法师羁绊，这不可避免地会挤占前排英雄的位置和资源。导致的结果是阵容前排坦度普遍不足，如同纸一样倒，缺乏足够扎实的护卫或重装战士来吸收伤害。一旦前排被敌方快速突破，后排的法师便完全暴露在敌方的火力之下。法师阵容的羁绊构成有时较为单一，过度依赖法师羁绊的加成，在遇到能削减法力值或施加沉默效果的敌方技能时，整个体系的运转会瞬间陷入停滞。
法师阵容对于装备的依赖性极高，这构成了其运营上的不稳定因素。核心输出法师的理想神装，例如蓝霸符、珠光护手、灭世者的死亡之帽等，都需要特定的基础散件，如女神泪、无用大棒和拳套。在游戏的选秀阶段和野怪掉落中，能否顺利获取这些装备存在很大的运气成分。如果开局无法抢到关键散件，或者中期装备合成不顺，法师的伤害能力将大打折扣。特别是像蓝霸符这种启动装，对于某些需要快速释放技能的法师而言几乎是必备的，缺少它意味着启动缓慢，很可能在放出技能前就被击败。
法师阵容在面对特定防御属性和阵容构筑时，伤害能力会被显著克制。当对手有针对性地堆叠魔法抗性，例如为前排英雄装备巨龙之牙等魔抗装，或者激活了如高堡垒卫士、高主宰这类提供群体魔抗或伤害减免的羁绊时，法师技能的伤害效果将大打折扣。一些阵容还拥有强大的治疗和护盾能力，例如白魔法师羁绊，能够有效抵消法师的爆发伤害，将战斗拖入持久战，而持续作战能力恰恰是许多法师阵容的短板。
法师阵容往往面临前中期的压力。一套成型的法师体系通常需要依赖高费的核心卡牌，例如四费或五费的法师英雄，这意味着玩家需要稳健运营经济，快速提升人口等级到八级甚至九级才有机会搜到这些关键牌。在达到这个人口节点之前，阵容可能因为质量不够而经历一段弱势期，容易损失大量生命值。另一些依赖三星低费法师的赌狗玩法，则需要在特定等级卡住大量经济进行搜牌，如果未能及时将核心英雄升至三星，中期的战斗力会迅速断档，导致无法过渡到后期。
法师阵容在站位上也存在固有的风险与矛盾。为了确保技能能够覆盖到更多的敌人，尤其是敌方后排的关键单位，法师的理想站位需要一定的输出环境。过于集中的站位容易吃到敌方的范围控制技能或群体伤害，导致全员被控或血量骤降。但若将阵型拉得过于分散，又可能无法享受到诸如能量圣杯等辅助装备提供的增益效果，并且可能被敌人逐个击破。如何平衡输出效率与生存安全，是操作法师阵容时一个持续的难题。
