孵蛋的核心地点位于四之岛的培育屋，该场所需要通关一周目并获取船票后才能抵达。从枯叶市乘船选择四之岛为目的地，上岸后向北行进即可找到红顶建筑的培育屋，与门口的老爷爷对话即可使用孵蛋服务。此处只有属于同一蛋组且性别不同的两只宝可梦才能成功产卵，未发现组的神兽或特殊宝可梦无法参与繁殖。
孵蛋效率的提升依赖于火焰身躯特性宝可梦的携带，例如鸭嘴火龙。该特性可缩短50%的孵化步数，建议将其置于队伍首位以最大化效果。骑自行车在浅红市至枯叶市的自行车道往返是累积步数的理想方式，当蛋开始摇晃时表明即将孵化。培育屋同时具备隐藏功能——寄存的宝可梦会随步数增加获取经验值，这种机制可兼顾孵蛋与练级需求。
遗传机制是孵蛋系统的重要组成，父代宝可梦携带特定技能机器或遗传招式时，子代有可能继承这些技能。个体值与性格的随机性决定了完美属性宝可梦需要反复尝试，建议提前规划好遗传技能组合。百变怪作为万能繁殖对象，可与任何可生育宝可梦配对，但需注意无性别宝可梦的繁殖限制。
四之岛还提供回忆技能与定点教学服务，孵蛋完成后可顺带优化队伍技能配置。岩山隧道、月见山等区域的直线路径也适合刷步数，但培育屋仍是效率最优的选择。整个孵蛋流程涉及蛋组判定、步数累积、遗传优化三个关键环节，需系统性规划才能高效获得目标宝可梦。
