地下城堡2主线任务中的谜题设计往往需要玩家结合地图探索、道具收集和逻辑推理才能解开。部分谜题难度较高，例如图10祭品村落需要按照特定顺序点燃五个焚烧炉，顺序隐藏在深渊洞穴墙上的图案提示中，若未仔细观察或遗漏线索会导致重复尝试。类似的设计在图4流放之路的暗月空镜任务中也有体现，玩家需权衡是否将道具交给银骑士以触发不同结局，这种选择直接影响后续剧情分支。
游戏中的空间谜题对玩家方向感和记忆力的要求较高。图8季风平原需要营救分散在地图各处的奴隶才能开启王城大门，而图3失落王城则要求玩家在图书馆、宝库和地下水道之间往返，通过红蓝宝石的收集与组合解锁新区域。此类设计使得玩家必须对地图结构和关键道具位置形成系统认知，否则容易因遗漏环节而卡关。部分场景如幻境森林的迷雾驱散机制还需玩家反复调整队伍属性和装备配置才能通过。
剧情类谜题的复杂性体现在多层叙事交叠上。图14遗忘之地的主线涉及修复渥金神像、收集魔力风暴核心等任务链，玩家需通过NPC对话拼凑线索，例如工匠巴隆提供的罗拉娜情报直接关联转职徽章的获取。图28漩涡之底更将解谜与科学实验结合，要求玩家在海底研究所、精灵神殿等场景中分析仪器操作逻辑，投影镜片与原初之石的组合使用体现了谜题设计的科技幻想色彩。
图11巨龙之路的宝箱收集任务需全程避开怪物攻击，而图12冰峰谷则强制玩家先制作免疫眩晕装备才能对抗红龙。这种设计迫使玩家在解谜过程中同步优化队伍配置，例如圣骑士的嘲讽技能和法师的群体治疗往往成为关键突破点。部分BOSS如古神尤尔的战斗甚至要求玩家在限定回合内完成场景交互，进一步提升了策略深度。
游戏通过资源管理强化了谜题的真实感。图9王城任务要求筹备10000秘银制作反制装置，图10的毁灭之书需要消耗20000水晶修复封印，这类设定将解谜与经济系统绑定。玩家必须合理规划资源采集与分配，否则可能因材料短缺中断任务进程。这种设计虽增加了挑战性，但也让谜题破解后的成就感更为显著。
